物理吸附作用是简单粗糙的，下面用一个例子定性地感受一下。有研究者在2005年使用原子力显微镜和中子反射研究了一种抗体（小鼠抗人绒毛膜单抗体）在亲水性二氧化硅和水界面处的取向排列方式，结果显示：抗体主要以“平躺”的方式排列在界面处，即抗体的Fc和Fab端均与二氧化硅表面接触。在一些地方会形成2-15个抗体分子大小的不均匀团簇，不添加水的对比实验显示抗体在二氧化硅表面会形成更大的团簇。结果表明抗体与亲水表面的作用力很弱，相邻蛋白质之间的疏水引力是导致团簇形成的原因。
实际操作时需要注意的是，虽然共价偶联的方法优于物理吸附，但基于氨基和羧基的抗体固定方法仍具有一定程度的随机性，有时在Fab区（用于结合抗原）存在易于修饰的氨基/羧基，在与固体表面偶联后会造成抗体的失活。在抗体领域，抗体与的偶联同样存在上面所说的问题（由于抗体表面可能存在很多可修饰的氨基酸，不能确定连在哪个部位
2.生物学意义分析
主要指通过分析芯片杂交数据，研究差异表达基因的生物学意义。通常，在芯片中某一或发育时期可能有成千上万个差异表达基因。例如，基因芯片分析植物根部可能有400多个特意表达的基因，如果要将这些基因的来龙去脉都搞清楚，可能要追溯超过4000篇以上的文献(假设1个基因需要查阅10篇文献)。这种不捡重点的方法耗时耗力，所获得的结果也往往没有意义。
微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据, 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 , 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。在现在应用的多种数学模型之间还没有进行过大规模的对照研究 , 因而对于它们的效能尚不能给予充分 、 的评估。
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